L'ordonnance fédérale sur la protection des végétaux contient une liste d'organismes (« organismes de quarantaine »). Comme ceux-ci ne sont pas encore répandus en Europe ou qu'ils le sont très peu, des mesures officielles ont été prescrites pour empêcher leur dissémination. Un élément important est le passeport phytosanitaire. Il certifie que la présence d'organismes de quarantaine a été officiellement contrôlée dans la plante produite par une pépinière. L'autre élément est l'obligation d'annoncer. Les producteurs aident avec celle-ci à rendre public l'apparition de ces organismes. L'état de quarantaine permet aux services cantonaux d'ordonner les mesures officielles à prendre contre ces organismes, mais également d'être aidés financièrement et de verser des indemnisations aux producteurs.

Les principaux organismes de quarantaine dans les grandes cultures qui concernent les producteurs avec leurs moyens de lutte sont la chrysomèle des racines du maïs et les nématodes à kystes de la pomme de terre. Le premier organisme (Diabrotica) est surveillé grâce à un réseau de pièges installés dans toute la Suisse et combattu en cas d'observation par une rotation obligatoire des cultures. Le deuxième organisme (Globodera) concerne surtout les producteurs de plants de pomme de terre. Les lots contaminés sont détruits et la production de pommes de terre est interdite pendant 8 ans sur les parcelles touchées. Il n'y a pas encore en Suisse de maladies bactériennes des pommes de terre soumises à une quarantaine, mais la production de plants est fortement surveillée.

Il est également obligatoire de lutter contre l'ambroisie et de déclarer celle-ci. Mais elle n'est pas un véritable organisme de quarantaine, puisque ces mesures sont seulement prescrites en Suisse.