Les objectifs de la sélection Agroscope ACW sont de fournir des variétés performantes permettant de promouvoir le respect de l'environnement et la qualité du produit . Un poids important est ainsi donné à l'amélioration de la résistance génétique aux maladies fongiques avec, pour objectif, la combinaison des résistances aux sept principales maladies présentes en Suisse. Le laboratoire de Pathologie des céréales soutient les efforts de sélection par le monitorage des virulences, par des recherches concernant la fusariose (mécanismes génétiques, diagnostic) et par la création de géniteurs destinés aux programmes de sélection. Le matériel de sélection est testé au champ sous infections artificielles de manière systématique.

Pour les blés, le poids est en outre mis sur les classes de qualité boulangère supérieure (Top et I), permettant à nos obtentions d'être largement appréciées par les transformateurs. La teneur en protéines du triticale, l'adaptation climatique du soja à nos conditions climatiques marginales, ainsi que son aptitude à être transformé en aliment (Tofu, "lait") sont d'autres facteurs pris en compte dans nos programmes.

Ces objectifs de résistance et de qualité font que les obtentions ACW sont appréciées en production biologique ou conventionnelle, en Suisse et sur les marchés internationaux.