Dans l'agriculture moderne, la productivité est obtenue par l'utilisation régulière d'engrais minéraux et de produits phytosanitaires de synthèse. La fréquence et l'ampleur de ces apports suscitent de plus en plus d'inquiétudes quant à leurs effets néfastes sur l'homme et l'environnement. Il faut donc trouver des solutions durables qui permettent de maintenir des rendements élevés tout en réduisant l'utilisation d'engrais et de produits phytosanitaires. Dans ce contexte, les communautés microbiennes (microbiomes) et leurs prestations écosystémiques pourraient être optimisés pour avoir un meilleur effet sur les plantes hôtes et l'environnement. Mieux comprendre l'impact de l’exploitation agricole sur la composition des communautés microbiennes (microbiote) et leur influence sur les processus importants du sol est fondamental pour trouver des solutions durables pour les futurs systèmes de culture.
Dans ce domaine thématique, nous nous intéressons à la manière dont les systèmes agricoles (par exemple, l'agriculture conventionnelle ou biologique), mais aussi les pratiques agricoles spécifiques (par exemple, l'utilisation de produits phytosanitaires), influencent la composition et la structure des communautés microbiennes dans le sol et au niveau des racines. Nous voulons également mieux comprendre comment les microbiomes influencent les fonctions importantes du sol, telles que le cycle des éléments nutritifs et du carbone et quels sont les microbes qui jouent un rôle clé (keystone taxa).
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